اگرچه پختن تخم مرغ باعث هضم بیشتر برخی مواد مغذی می‌شود، اما می‌تواند به برخی مواد دیگر آسیب برساند. این موضوع غیر معمول نیست؛ پخت اکثر غذاها باعث کاهش برخی از مواد مغذی می‌شود، به خصوص اگر در دمای بالا برای مدت زمان طولانی پخته شوند.