مجمع تشخیص مصلحت نظام پس از بررسی مجدد مصوبات مرتبط با گسترش مناطق آزاد و ویژه در نامه‌ای به شورای نگهبان از پابرجابودن ایرادات سابق مجمع خبر داد.
بررسی‌ها نشان می‌دهد، در متن نامه مجمع تشخیص مصلحت نظام به شورای نگهبان با اشاره به پابرجا بودن مغایرت طرح ایجاد ۸ منطقه آزاد تجاری_صنعتی با بند ۱۷ سیاست‌های کلی اقتصاد مقاومتی (مبنی‌بر اصلاح نظام درآمدی دولت با افزایش سهم درآمدهای مالیاتی) و بند۱۱ سیاست‌های کلی اقتصاد مقاومتی، بر توسعه حوزه عمل به جای توسعه جغرافیایی مناطق آزاد تأکید شده است.
در ادامه ایجاد ۱۳ منطقه ویژه اقتصادی ذیل لایحه پیشنهادی دولت از سوی مجمع تشخیص مصلحت نظام با بند۱ جزء د سیاست‌های کلی آمایش سرزمینی مغایر عنوان و به عنوان بستر بروز فرصت نابرابر و تبعیض شناخته شده است.
در بخش دیگری از این نامه آمده است: با توجه به اینکه مصوبه اخیر مجلس شورای اسلامی، متضمن تغییری در راستای رفع مغایرت‌ها و عدم انطباق فوق‌الذکر نیست، هیأت عالی نظارت بر نظر سابق خود تأکید مجدد دارد.
از طرفی مصوبه ناظر بر طرح ایجاد ۹۰ منطقه ویژه اقتصادی نیز که پیش‌تر به دلیل حجم گسترده تغییرات در لایحه دولت، تفکیک شده و به شکل طرح درآمده بود، با تابلوی مغایرت با بند۱ جزء د سیاست‌های کلی آمایش سرزمینی از سوی مجمع تشخیص مصلحت نظام مواجه شده است.
اول مهر سال ۱۳۹۷ مجمع تشخیص مصلحت نظام مطابق بند دوم اصل ۱۱۰ قانون اساسی (نظارت بر حُسن اجرای سیاست‌های کلی نظام) با ارسال نامه‌ای به شورای نگهبان مصوبه مجلس مبنی‌بر ایجاد ۸منطقه آزاد تجاری_صنعتی و ۱۰۳ منطقه ویژه اقتصادی را با بند ۱۱ و ۱۷ سیاست‌های کلی اقتصادی مقاومتی و بند یک جزء "د" سیاست‌های کلی آمایش سرزمینی مغایر دانست.